西日本でも有数の生物多様性を誇る京都大学芦生研究林内のブナ・ミズナラ天然林では，2000年代に入りシカによる過剰採食が原因で急速に下層植生が衰退した．2006年に防鹿柵で囲んだ集水域，2017年に囲んだ集水域，防鹿柵を設置していない対照集水域の3集水域を対象に，植生・渓流水質・細粒土砂の調査を行い，集水域単位の防鹿柵設置の効果と実用性を検証した．スポット的な植物保全用の防鹿柵に比べ，集水域単位の大面積防鹿柵の設置は，植物保全だけでなく植物-土壌-渓流水一連の生態系全体を保全する上で非常に有効であることが示された．また，2017年柵設置集水域では，2006年柵設置集水域に比べて設置後の植生回復が遅く，生態系機能への影響が長期間継続する可能性が考えられた．2017年柵集水域で回復が遅かった理由として，採食圧の継続によりシードバンクが劣化していたことの他に，シカの侵入を一時的に許してしまったことが挙げられる．柵の経年劣化や，クマの侵入・台風による倒木等で柵が破損することでシカが侵入することを防ぐため，ネットの交換，定期的な柵の見回りや補修を複数の人員が交代して行う体制を整備することができ，集水域スケールの防鹿柵の長期的な維持管理方法を見出すことができた．
