腸管内のT細胞には粘膜固有層T細胞と腸管上皮内T細胞が存在する。腸管上皮内T細胞にはTCRgd T細胞、CD4CD8aa T細胞を始め他臓器で認められないユニークな細胞集団が存在する。TCRgd細胞は腸管上皮内を移動(highway movemet)し、時に上皮内にはまり込む挙動(flossing movement)をする。サルモネラ感染症の際にはFlossing movementが増加することを見出した。また上皮内CD4CD8aa細胞は腸内細菌依存的に誘導され、CD4 master遺伝子であるThpok減弱に伴い、CD8 master遺伝子であるRunx3が増強し、それに伴い、TCRgd細胞と同様にstraight movementが増加することを見出した。CD4CD8aa細胞、TCRgd細胞の役割については不明な点が多いが、欠損させたマウスにおいて腸管の炎症を誘発すること、炎症性腸疾患において割合が少ないことが判明しており上皮修復、炎症抑制に働いているものと考えられる。