肝内結石症は完治が難しく，40年以上にわたり定期的に全国多施設調査が行われている．この間，治療法の進歩にもかかわらず，結石遺残・再発率に改善が乏しい．肝内結石症の治療としては非手術的治療である経皮経肝的胆道鏡治療や経口的内視鏡治療であるERC，バルン内視鏡下ERC，POCS（peroral cholangioscopy）下結石除去と，手術的治療である肝切除術，胆管消化管吻合術，総胆管切開結石除去術，乳頭形成術などがある．治療法の変遷をみると，二次性肝内結石症の増加とERCやバルンERC関連手技の進歩により経口的内視鏡治療の増加が著しい．巨大結石に対してはESWLやEHL（electronic hydraulic lithotripsy）などを併用して結石除去を行う．手術的治療については肝切除術が最多であり，近年腹腔鏡手術の報告が増えている．また，完全に結石除去しても胆管癌発生のリスクがある．とくに胆管癌合併のリスクを伴う症例には治療後も長期間かつ厳重な経過観察が必要である．
