抄録
【目的】トキシコゲノミクスプロジェクト（TGP）では，代表的な肝障害惹起化合物を中心とした多数の化合物を選抜し，これらを暴露したラット肝臓・ラット肝細胞・ヒト肝細胞に関し，Affymetrix社のGeneChipアレイを用いたデータベース（DB）を構築している．本検討では，（A）発がん関連遺伝子，（B）グルタチオン枯渇応答性遺伝子，（C）PPAR alpha標的遺伝子，にそれぞれ関係する遺伝子セット（バイオマーカー：BM）に関する効率的な解析法の構築を目的とした．【方法】各々の遺伝子プローブセットに関する化合物投与群／対照群シグナル比の対数値（signal log ratio：SLR）を用いて，I）全体の発現量増減傾向の指標として{(SLRの和)／(BMに含まれる遺伝子数)}を計算し，II）全体の遺伝子発現変動レベルの指標として{(SLRの平方和)／(BMに含まれる遺伝子数)}を計算して，最後にI）とII）の両計算値を乗じたスコアを算出した．【結果および考察】いずれのBMにおいても，TGPDBに関する各化合物データのスコア算出結果は，既知の報告に照らして妥当なものと考えられた．本スコアは簡潔な計算により算出され，多数の化合物データに関する遺伝子発現変動レベルの大まかな傾向を1次元のスコアで表示可能とすることから，TGPDBのような大規模DBの解析に際して有用であり，また様々な活用法が期待される．例として，特定のBMに関してラット肝臓・ラット肝細胞・ヒト肝細胞のスコアをそれぞれ算出し，3次元の散布図を描くことで，異なる生物種・細胞種におけるBMの互換性・妥当性を評価することができるなどの活用法を紹介する．この他，スコアの精度をさらに高めるために，GeneChipデータのS／N比の指標であるPresence／Absence情報を考慮したスコアの検討結果に関しても議論する．
