医薬品や治療法の研究・開発において、その効能効果とともに安全性評価がとても重要である。現在、様々な動物モデルが利用されているが、その中でも霊長類はひとへの副作用、有害事象をより正確に評価できる系として期待されている。ゲノム情報を用いた次世代シーケンサーによる解析手法は、多様な機能性ゲノム情報を短時間に網羅的に得られることから、これら評価のための不可欠な技術となっている。一方、霊長類においては、残念なことにゲノムやトランスクリプトームの研究は少なく、その充実は霊長類を用いた医薬品や治療法の研究・開発と評価のために大きく期待されている。本講演では、カニクイザルなどを例として、次世代シーケンス技術を活用したプロモーターやエンハンサーなどの発現制御に関わる情報も含めたより正確な機能性ゲノム解析のための基盤整備と、MHC解析の最新の動向について概説する。