琉球豚は中国豚由来であり，黒色を有するアグーと白斑を有するアヨーがある。アグーはバークシャー種との交雑により改良されたと報告されているが，西洋系豚や中国系豚との分子遺伝学的類縁関係は明らかでない。そこで，アグー系とアヨー系を系統内交配により維持している今帰仁アグー集団の繁殖豚AG (B），AG (R），AG (W) とその交雑集団AG (O) およびこれらの祖先集団AG06，AY06，さらに西洋系豚，中国系豚について，マイクロサテライト30座位の遺伝子型を解析することにより，琉球豚の遺伝的多様性とともに西洋系豚，中国系豚との類縁関係および遺伝的構造を明らかにすることを目的とした。有効対立遺伝子数，アレリックリッチネス，多型情報量などの遺伝的多様性の指標値は，いずれもAG (W) が最も小さくAG (O) が最も大きく，AG (O) の多様性は西洋系と同程度であった。今帰仁アグー各系統は西洋系品種に比べてヘテロ接合度の観測値が期待値よりも大きい傾向にあり，FIS は負の値を示して，近親交配を避けた交配が行われていたことが示唆された。品種·系統間の遺伝的関係では，主座標分析から，琉球豚，中国系，西洋系が二次元上にそれぞれのクラスターを形成することが明らかとなった。遺伝的距離にもとづく系統樹からは，AG (B) はAG06と近縁であり，AG (W) はAY06と近縁であることが示され，これらを含む琉球豚は中国系とクラスターを形成した。遺伝的構造の解析からも，琉球豚は中国豚と共通する祖先に由来することが示されたが，AG (B) とAG (R) はバークシャー種と共通する祖先集団由来の遺伝子を有すると推察された。この結果はこれまでの琉球豚の由来の記述を裏付けるものであった。
