抄録
生物の重要な構成成分である蛋白質の機能発現において，蛋白質の立体構造が深く関与している．蛋白質の分子表面形状は，大変複雑な形状を有しており，突起や窪み形状（以下，凹凸形状と称する）を多く含んでいる．蛋白質の機能は，分子表面形状の中でも，特に凹凸部分に強く現れていることがわかっている．そこで本報告では，分子構造データベース（eF-site）に記録されている蛋白質の分子表面情報から局所凹凸形状を抽出して分類する手法，およびその分類結果を探索するための可視化インタフェースを提案する．本手法では，蛋白質分子表面は三角メッシュで近似されていると仮定する．その上でまず，各頂点の接平面と分子表面の交差の有無を求め，これに基づいて局所凹凸を構成する三角形群を抽出する．続いて，各々の局所凹凸形状の特徴量を，軸周りの頂点分布を示したヒストグラムとして算出する．続いて，この特徴量に基づくクラスタリングによって局所凹凸形状を分類する．この分類結果を視覚的に確認するために本手法では，大規模階層型データ可視化手法「平安京ビュー」を応用したインタフェースを提供する．本手法は，複数の蛋白質にわたる分子表面形状の部分類似性の分析に貢献するための，初期検討的な手法の一つと位置づけられる．
