３次元医薬品構造データベースの構築とインターネットへの公開

抄録

３次元医薬品構造データベースは分子モデリングソフトウェアであるMacroModelにより計算した医薬品の最適化構造を中心に、各種の構造データを収載したものである。この開発の初期段階では医療用日本医薬品集（日本医薬品情報センター、東京）に収載された医薬品に基づき、その構造データを作成し、データベースに格納した。各種の三次元分子構造データはWebサーバーに格納されているため，クライアントのブラウザからプラグインであるChemscape Chime、あるいはJavaアプレットであるChemis3Dを用いて医薬品構造を３次元的に表示し，回転や拡大を達成する。また医薬品分子の分子運動のアニメーションとして動画表示することができる。分子運動のアニメーションは分子動力学計算から得られる分子運動の軌跡に基いて作成され、分子内の結合軸上での回転を視覚化する。本データベースは医薬品の最適化構造や分子運動アニメーションのほか、医薬品のコンホマー分布を圧縮収納したファイルや、分子軌道計算から得られる静電気ポテンシャルマップを圧縮したバーチャルリアリティモデリング言語(VRML)ファイルなども提供する。医薬品構造の探索は部分的な平面構造の描画、あるいは医薬品の一般名の入力のより、JChemソフトウェアを通じて、最適化構造データを収納したSQLサーバーから行うことができる。