本研究では口之島野生化牛，黒毛和種，土佐褐毛和種，ホルスタインの4集団を実験に供し，高密度SNPアレイを用いた包括的な遺伝的多様性解析を行った．MAFの平均値では，口之島野生化牛が0.089であり，他の3品種の平均値（0.212）と比較して半分以下の値を示し，口之島野生化牛が極めて低い遺伝的多様性を示した．染色体ごとの遺伝的多様性を調査した結果，単型を示すSNPの割合は染色体ごとに大きく異なり，最小値で24番染色体の47.7%，最大値で20番染色体の72.3%であった．さらに各染色体内での遺伝的多様性の変化を調査したところ，口之島野生化牛は他の3品種には見られない，単型を示すSNPが5 Mb以上にわたって連続する染色体領域が6ヵ所観察され，最大12.80Mbにも及んだ．以上の結果は，口之島野生化牛集団の成立過程における創始者効果と遺伝的浮動の影響が原因していると考えられた．
