分子力学法における不斉性・平面性拘束について

抄録

分子のモデリングにおいて高温の分子シミュレーションを用いる方法は、多くの構造のサンプリングに有用であるが、高いエネルギーにより結合の反転など望ましくない変形が生じる可能性がある。これを制御するため、中心原子から結合方向の単位ベクトルがなす正四面体の体積を変数として拘束を加える方法を考案した。これにより、任意の形の拘束関数を用いることが可能であり、３配位の場合に適用すれば平面性の拘束にも適用できる。ブドウ糖など単糖類の配座解析に対する応用について報告する。