MOE用FMO前処理, 解析ライブラリの作成

抄録

北浦らによって開発されたフラグメント分子軌道法は分子をフラグメントに分割する事によって高精度な量子化学計算を生体高分子などの巨大な系に対しても高速に行う事が可能な手法である。また、フラグメント間の相互作用エネルギーを成分毎に分割するPIEDAにより、更に詳細な解析を行なう事が可能である。フラグメント分子軌道法はGAMESS、ABINIT-MP、PAICSで実装されており、このうちABINIT-MPではたんぱく質や核酸については自動でフラグメント分割をする事が出来るが、リガンドなど低分子の自動分割には対応しておらず、大きな低分子を含む系を計算する場合や、官能基の寄与など、より詳細な解析を行なうために分子を分割する場合には煩雑な手動での分割を行う必要がある。これを解消しFMO計算の前処理、解析を行うMOE用のライブラリを実装し、これを報告する。