真菌性脳髄膜炎は比較的頻度は少ないものの致命的な疾患であり，わが国では原因真菌としてCryptococcus属，Candida 属，Aspergillus属などが重要である．一般的に深在性真菌症の診断は困難なことが多いが，遺伝子診断法は迅速診断法として有用とされる一方，評価や標準法はいまだ定まっておらず，実際の運用においては研究室レベルである．真菌感染症診断における遺伝子診断法では，真菌一般を検出する方法と，特定の真菌を検出する方法があるが，菌種によっては日常生活環境に常在するものがあるため，臨床における応用においては常にコンタミネーションの可能性を考慮する必要がある．
