哺乳類の体内時計遺伝子Clock，Per1が発見されて以来，体内時計の発振，同調，出力の分子機構が明らかになってきた．時計遺伝子発現は生体の至る所で見られ，視交差上核を主時計，視交差上核以外の脳に発現する時計を脳時計とよび，肝臓や肺，消化器官などに発現する時計を末梢時計と呼ぶようになった．これらの事実は，生体の働きに時間情報が深く関わっている可能性を強く示唆するものである．種々の疾病の症状には日内リズムが見られ，たとえば喘息の症状は朝方悪化しやすく，虚血性心疾患は早朝から午前中にかけて起こりやすいことも知られている．また，コレステロールの合成酵素のHMG-CoA reductaseの活性は夜間に高まることから，スタチン系の薬物は夕方処方が推奨されている．このように，疾病治療における薬の作用を効果的にするために，発症時刻に合わせて，薬を与えるというような治療法が考案されてきた．いわゆる時間薬理学という学問領域である．一方で，最近時間栄養学の研究領域が台頭してきた．食物や栄養などの吸収や働きを考えると，栄養の摂取時刻により，栄養の働きが異なる可能性が考えられる．実際，同じ食物でも夜間に食べると太りやすいと言われており，これはエネルギー代謝に日内リズムがあることに起因する．また，薬物の吸収，分布，代謝，排泄に体内時計が関わるように，栄養の吸収，代謝などには体内時計が深く関わる可能性がある．体内時計の同調刺激に規則正しい食生活リズムが重要であることが指摘されて以来，同調刺激になりやすい機能性食品の開発が試みられている．このことは，たとえばメタボリックシンドロームの治療や予防に，時間薬理と時間栄養の両学問の知識や研究成果の集約が，効果的である可能性を示唆する．
