超音波内視鏡EUSによる粘膜下腫瘍の診断は，主存在層（由来層），腫瘍のエコーレベル，内部エコーパターンにより鑑別診断がある程度可能である．脂肪腫，リンパ管腫，嚢胞は，特徴的な所見を有するため，Endoscopic ultrasound-guided fine-needle aspiration（EUS-FNA）の必要性はない．迷入膵とGlomus腫瘍は，３，４層由来の腫瘍として同定され，前庭部に多く認められる．しかしながら，４層が肥厚様に描出される３，４層由来の迷入膵（深層型）は，多くは大きく，胃体部に見られることが多い．各々の粘膜下腫瘍は，特徴的な所見を有するが，第４層由来の腫瘍の画像診断による鑑別診断は，たとえ造影エコーを用いても難しい．それゆえ，これらの鑑別にはEUS-FNAを行わなければならない．しかしながら，小さな腫瘍に対するEUS-FNAの診断能は，臨床的な要求を満足するものではないため，第４層由来のこれらの腫瘍は，最初は６カ月後に経過観察し，もしもその時点で大きさ，形態が大きく変化してない場合には１年毎の経過観察とすべきと考えている．これらの腫瘍が１-２cm以上となった時点で，EUS-FNAによる診断が推奨される．さらに，結節分葉状，内部不均一，無エコー域，潰瘍などの悪性所見を有するなど通常とは異なる粘膜腫瘍もEUS-FNAの適応である．フードを装着した直視型超音波内視鏡は，小さな粘膜下腫瘍に対するEUS-FNAに有用である．
