近年、地球温暖化、富栄養化、環境汚染などに代表される地球規模の環境問題にはほぼすべて環境微生物が深く絡んでおり、それらに関わる環境微生物の機能および、現存量の動態を詳細に把握する研究が急速に進められている。しかしながら、環境微生物の99%以上は分離・培養できないことから、分離・培養法に依存しない手法が必要となってくる。二次元高空間分解能二次イオン質量分析計(NanoSIMS)は最小50ナノメートルの空間分解能で局所分析が可能であり、微生物の元素・同位体組成をシングルセルレベルで分析できる可能性がある。本研究では安定同位体トレーサーの取り込み量を、NanoSIMSを用いて微生物シングルセルレベルで評価する手法を開発した。