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近年、水域生態系のアオコ毒素(シアノトキシン)は世界中の多くの研究者によって研究されている。シアノトキシンは、神経毒(アナトキシン-a、アナトキシン-a、サキシトキシン)または肝臓毒素(マイクロシスチン、ノジュラリン、シリンドロスポモプシン)として毒性に応じて分けることができる。シアノトキシンは湖、河川、海洋の水生生物に悪影響を及ぼし蓄積することが報告されている。湖沼生態系におけるシアノトキシンの動態は、生産、吸着、物理化学的分解、生物蓄積、生物分解の5つの観点から研究されている。自然界では、ミクロシスチンは、微生物の生分解及び捕食者の摂食によって除去される。生態系におけるシアノトキシン分解のメカニズムを完全に理解するためには、シアノトキシンを分解する微生物の定量的な研究とシアノバクテリア分解の微生物生態学的メカニズムの調査と併せて行うことが必要である。