熊本大学医学部附属病院では，国立大学病院経営分析システムを使うことにより，2000年から診療科別収支を算出してきた．診療科別収支は，病院内の各診療科や部門の大まかな性格や収益性をみるために有用であったが，実際の意思決定場面においては大雑把すぎて建設的な意見に結びつきにくいところがあった．2002年からは，医療現場担当者が直接活用しやすい疾患別収支の算出を試みることとなった．今回は実用的な病名情報が電子的に存在しなかったため，20診療科，約60疾患，約600件の症例をサンプルとして選び，疾患別の収支を計算した．集計結果をもとに各診療科と個別の会合を開き，各科の現状や今後の診療計画について検討した．そして，討論から得た結論を各科毎に診療に反映してもらい，半年後に同様の集計を行った．再度ヒアリングを行い，収支構造の推移を再評価した．前年度との比較では，ほとんどの疾患において入院期間の短縮と，収益性の改善がみられ，対象疾患における変化傾向を具体的に把握することができた．ただ，一部の診療科では逆に収支が悪化しており，今回の分析だけでは，両者の間にみられる乖離を説明できない点もあった．
