Mathematicaによる分子動力学

抄録

分子動力学(MD)法の初学者への入門のために，Wolfram MathematicaによるMDのプログラムを開発した．MD計算やその結果を解析するアルゴリズムを理解し易いように，扱う分子間相互作用はLennard-Jones 12–6ポテンシャル，MDセルは立方体，アンサンブルはNEVまたはNVTアンサンブルのみとした．Mathematicaのノートブックファイル内で，粒子数，数密度，温度などの計算条件を設定する．計算結果は，熱力学量のほかに粒子の軌跡，粒子配置，二体相関関数，速度自己相関関数，平均自乗変位および自己拡散係数が出力される．