重複なし最長共通部分列に関する全列挙法を用いた評価

抄録

二つの文字列の共通部分列，かつ出現する文字に重複のないもののうち最長のもの（重複なし最長共通部分列: Repetition-Free Longest Common Subsequence）を求めるRFLCS問題について考える．塩基配列には，元となる塩基とそのコピーと見なせる部分があり，その元部分の類似度を判定したいといった動機などから，共通部分列に関連する問題群が研究されている．本稿では，RFLCS問題に対する全列挙法の一つを実装し，ランダムに作成された文字列の組に対する重複なし最長共通部分列の長さ，ならびに，それを求めるために必要な処理時間について評価を行った．