今回，2つの異なる方法によってアカマツのSSRマーカーを開発し，開発にかかる効率性や手法の簡便さといった観点から手法の比較を行なったので報告する。また，SSR分析を行なった際に1プライマー対から２領域以上の断片が検出され，解析に困難さが伴うことがある。スギを対象としたSSR分析の結果に基づいてその実例について報告する。まず，アカマツSSRの単離には2つの方法を利用した。一つはエンリッチメント法であり，Hamilton et al（1999）に従った。もう一つは，Lian and Hogetsu （2002）によって報告されたsuppression PCRを利用する方法である。エンリッチメント法では(AC)nを繰り返し単位とするSSRの単離を試みた。54プライマー対についてPCR増幅した結果，68.5%にあたる37プライマー対から期待されるサイズのフラグメントが得られた。アカマツ10個体を利用して，単一フラグメントの増幅と多型の有無について確認した結果，33プライマー対は単一な断片が増幅されることを確認した。このうち，3プライマー対は単型的であり，残る30プライマー対からは2_から_13個の対立遺伝子を確認した。エンリッチメント法と同様にアカマツ1個体を利用してLian and Hogetsu （2002）の方法に従ってSSRを単離した。63クローンについてプライマー設計し，増幅した36クローンについて二度目のシーケンシングを行なった。その結果，16クローンがSSRマーカー候補として選抜された。16クローンについてPCR増幅した結果，期待されるサイズの断片を増幅した14のうち，９プライマー対が単一の断片を増幅し，2_から_13の対立遺伝子を確認できた。 関東育種基本区のスギ精英樹936クローンのうち、765クローンをMoriguchiら（2003）が報告したスギSSR３プライマー対について実際にSSR分析した。使用したプライマーのうち，Cjgssr149では多くの個体で１領域に由来すると考えられる対立遺伝子を確認出来た一方で，２領域に由来すると考えられる断片が検出された。そこで，シーケンスしたところ，目的とした領域の一部が重複した類似領域であることが判明した。 Lian and Hogetsu （2002）の方法では，プライマー設計した63プライマーのうち，14.3%にあたる９プライマーのみを最終的にマーカーとすることが出来た。一方，エンリッチメント法ではプライマー設計し，PCR増幅した54プライマー対のうち，約60％にあたるプライマー対をマーカーとして考えることが出来た。しかし，この結果だけに基づいてエンリッチメント法が効率面で優れていると判断することは困難である。エンリッチメント法では，ポジティブクローンを選抜する段階でその３倍にあたるコロニー（768コロニー）を選抜しており，これらのコロニーにSSRが含まれているか確認する作業を行なう必要性がある上に，実験操作もハイブリダイゼーションなど熟練者以外には容易でない場合も多い。一方で，Lian and Hogetsu （2002）の方法は選抜したコロニーの90％以上がポジティブであり，操作もまたPCRを主体とした手法の連続であることから比較的容易にマーカー開発を進めることが出来る。但し，コスト面ではLian and Hogetsu （2002）の方法は,二度にわたるシーケンシングとプライマー設計を行なう必要性から，エンリッチメント法よりも負担は大きい。 SSRマーカーは開発に労力がかかる一方で，得られる情報量の大きさや再現性の高さから，きわめて有益なマーカーである。しかし，針葉樹は染色体倍加を伴わないゲノム重複が生じているとの報告もあり，類似する領域がゲノム中に散在している可能性も高い。実際，アカマツで増幅したプライマー対のうちマーカーとして選抜できなかった理由の多くは2領域以上と考えられる断片が検出されたことにあった。複数領域が検出されたとき，分離比検定やシーケンシングを行ない，領域間の関係を明確にすることで，初めて解析に利用できると考える。
