腸内細菌は宿主の代謝や免疫と密接な関連を持つ。多大な侵襲を受けると腸内では偏性嫌気性菌を中心とした常在細菌の数および割合がともに減少し,病原細菌が増加する。この変化に加え,bacterial translocationの増加や免疫能の変化などから腸管由来の全身性炎症が引き起こされる。これに対して,選択的消化管除菌・プロバイオティクス/シンバイオティクス療法・腸内細菌叢移植などの腸管内治療が行われ,有効性も示されている。また,腸内細菌株カクテル療法やファージセラピーなど腸内細菌をターゲットとした新たな腸管内治療も期待されている。本総説では腸内細菌と宿主との関係を概説し,重症患者の腸内細菌叢の特徴を述べ,腸管内治療の現状と展望をまとめる。