次世代シーケンサーデータの解析手法 第 11 回 統合データ解析環境 Galaxy

抄録

次世代シーケンサー（以下、NGS）データの解析手段は多様である。本連載ではこれまでキーボード入力をベースとしたコマンドライン環境での解析手段を中心に解説してきたが、マウス操作をベースとした GUI 環境での NGS 解析手段の需要も根強い。第 11 回は、GUI 環境でのデータ解析手段として特に海外で広く普及している Galaxy を解説する。Galaxy はウェブブラウザを起動して各種解析を行うため、位置づけとしてはウェブツールである。しかしながら、ワークフローやヒストリー管理といった独特の用語および GUI 画面（見栄え）ゆえ、慣れるまでが大変であることもまた事実である。本稿では、Galaxy の概要、公共サーバの基本的な利用法について述べる。ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどを効率的に活用してほしい。