日本乳酸菌学会誌

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今回は、アンプリコン解析プログラムであるdada2実行結果のデータ処理について解説する。解析サンプルは19属・22種から構成される疑似微生物群集であり、この情報を再現可能な3種類のDNA抽出キットと4種類の保存バッファの組合せを調べるのが目的である。データ処理の入力は、dada2実行結果（計580個のASV配列、系統推定結果、配列ごとの出現頻度）と正解情報（解析サンプルの系統リスト）である。主な出力は、それぞれの系統に割り当てられたASV配列の出現頻度、および性能評価指標（感度と適合率）である。本稿では、一連のデータ処理の流れを自作関数の利用例を交えて解説する。また、動作確認の重要性を強調するとともに、自作関数中のバグ発見や生物種名のスペルミス発見に至る過程、そしてそれが与えるインパクトについても述べる。

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