いわゆる切除不能な小児肝悪性腫瘍に対する肝移植は，根治療法の選択肢の一つとして認知されている．日本肝移植研究会の2015年までの集計によれば，18歳未満の腫瘍性疾患に対する肝移植（全例が生体肝移植）114例中，大半の94例が肝芽腫対象で，その他に肝細胞癌8例，肝未分化肉腫1例などが含まれる．肝芽腫に対する肝移植は保険適応であり，現在年間10例程度に施行されている．肝芽腫の生体肝移植後生存率は1年で87.1%，5年以降は75.6%であり，他の小児肝移植術後生存率と比較してもさほど悪くない．過去の欧州での集計で，肝切除後の再発に対する肝移植は，一次的移植より成績が悪いと言われていたが，国内の集計では，有意な差がないことが明らかになっている．現在，日本小児肝腫瘍研究グループ（JPLT）による，JPLT-3治療プロトコール研究が行われているが，そこでは登録症例の中央画像診断，判断困難症例のエキスパートによる治療方針示唆のシステムが確立している．現在肝移植適応で判断が難しいのが，遠隔転移，特に肺転移のあった症例で，化学療法による消失後の移植適応である．少なくとも，画像診断で明確な肺転移が確認できない症例は，移植禁忌とはならないが，国内調査でも，そのような症例での移植後再発が多いのも事実である．移植後の化学療法や免疫抑制にもなお一定の共通認識がなく，これも含めた継続的な症例蓄積と解析が必要である．
