OryzaExpress: イネのゲノム・アノテーションと遺伝子発現の統合データベース

抄録

これまでに、イネのゲノム・アノテーションや代謝パスウェイ、ジーン・オントロジー、マイクロアレイ・プラットフォーム、遺伝子発現などの情報がWeb上 に多く蓄積している。これらの情報は複数の異なるWebデータベースから提供されていること、また、遺伝子座やマイクロアレイ・プローブなどに用いられて いる記載法に統一性が無いことから、複数のデータベースに渡る検索が困難となっている。そこで、当プロジェクトでは、RAP-DBとTIGR Rice Genome Annotationが提供するイネのゲノム・アノテーション情報、KEGGとRiceCycが提供する代謝パスウェイ情報、そして、Agilent社の オリゴ・マイクロアレイ（22Kおよび4X44K）とAffymetrix社のGeneChipに搭載されているプローブの情報を統合し、これらを簡便に 検索し得るデータベースOryzaExpressを構築した。遺伝子座やプローブのIDからの検索、アノテーションのキーワードを用いた遺伝子やゲノム情 報の検索が可能であり、また利用可能な公開遺伝子発現プロファイルを検索できる機能を提供している。