抄録
トマト研究を支援するためにNBRPトマトでは矮性のトマトモデル品種マイクロトムのリソース整備を行っている。マイクロトムは、ゲノムドラフト配列の得られた一般的な栽培種Solanum lycopersicumに属するが、ゲノム解読された品種との間に相当数の一塩基レベルの多型が存在する。そこで、マイクロトム自体のゲノム配列が得られれば、公開されたゲノムドラフト配列との比較によるDNAマーカーの開発や、突然変異体リソースを利用した原因遺伝子の解析等が加速されることが期待される。本研究ではマイクロトムの全ゲノム配列解読を実施した。かずさDNA研究所はロシュGS-FLXによるシークエンシングを、国立遺伝学研究所はイルミナ社HiSeqによるシークエンシングを実施した。得られたリードは速やかにDDBJ Read Archiveに登録を行なった。2010年11月時点で、GS-FLX で約10倍カバレージ、HiSeqにより約120倍カバレージのリードが得られている。発表に於いては、DDBJ Read Annotation Pipelineを用いたマッピング・コンティグ作製・アノテーションの最新状況を報告する。本研究はNBRPゲノム情報等整備プログラム「マイクロトムゲノム配列解読」の援助を得て実施された。
