沖縄には, 他の地域では見られないような水環境に係る特異的な事例がある。有機塩素系化合物について, 調査対象の全ての採取地の魚から検出されたことから, 南西諸島の水環境が広範囲にわたり汚染されていることが示されたが, その濃度はヒトの健康に影響を与えるものではないと思われた。サンゴ礁域の調査では, ジウロンが調査地点の多くで検出されたが, サンゴ礁の健全性に対する深刻な脅威をもたらす濃度ではないことが示唆された。河川水中のウラン濃度は指針値をこえる場所があるが, 室内実験等により, 自然由来によるものとされている。北谷浄水場に接続されるポンプ場等のPFOS + PFOAの経年変化は各地点とも減少しているが, 比謝川取水ポンプ場では依然として暫定目標値を上回っている。土壌流出については, 関係者による施策・事業の推進により, 条例施行前と比べて5割以上の削減が行われている。