ナノポアシーケンサーを用いた豚熱ウイルス国内流行株と経口生ワクチン株の迅速識別法

抄録

2018年，わが国で26年ぶりに飼養豚と野生イノシシにおける豚熱の発生が確認された．現在，野生イノシシを介した豚熱の拡散を防ぐため，経口生ワクチンが野外に散布されている．豚熱検査に使用されるコンベンショナルまたはリアルタイムRT-PCR法は，豚熱ウイルス国内流行株と経口生ワクチン株を識別できないため，ワクチン散布地域の陽性検体は，サンガー法によりRT-PCR産物の塩基配列を決定し，ウイルス株を識別している．本研究では，近年普及し始めた小型で安価なナノポアシーケンサーを用いて国内流行株と経口生ワクチン株の塩基配列を決定し，ウイルス株の識別を試みた．その結果，豚熱ウイルス遺伝子が検出された野生イノシシ29検体のうち28検体でウイルス株を識別でき，解析終了まで4～5時間を要するサンガー法と比較して，識別までの時間を2時間以上短縮できることが示された．