食用・薬用きのこの生産では，優良種菌と高度な栽培技術により高品質きのこを安価に生産することが求められる。きのこの育種，すなわち種菌開発は，野生きのこの子実体からの組織分離による二核菌糸体の栽培品種化と，栽培中に発生する優良な子実体を選抜する品種改良，それにつづく交配による品種改良が主な流れである。きのこの新品種開発のプロセスは，育種に用いる親株の選定，交配のための一核株作出，交配，交配後の数段階の栽培試験による優良交雑株選抜である。本稿では，まず，きのこの極めてユニークな生物学的特徴を解説し，つづいて，きのこの育種プロセスについて，最近の展開を概論する。
