症例－対照研究によって，自己免疫疾患・感染症・薬疹など様々な形質と関連する多数のHLAアリルが報告されている。クラスIおよびクラスIIHLA遺伝子座には多数のアリルが存在するため，偽陽性を減らすために厳しい有意水準を設定して統計学的仮説検定が行われてきた。しかし，ボンフェローニ補正（Bonferroni correction）のような過度な有意水準の補正は弱い関連を示すHLAアリルを見逃すことになる。本稿では，最初にHLAアリルと疾患の統計学的関連を評価するカイ2乗検定について解説し，次に多数のアリルをもつ遺伝子座を対象とする関連解析で必要な有意水準の補正について紹介する。
