原著論文
抗酸菌の分類同定指標として有効なコアーハウスキーピング遺伝子
2016 年 32 巻 1 号 p. 25-37
詳細
2016 年 32 巻 1 号 p. 25-37
Mycobacterium 属30菌種42株のドラフトゲノム解析を行い，分類と同定に有効なhousekeeping protein (HKP)を選択し解析した．NCBIの遺伝子の各分類区分から解析菌種に共通に保有され，多型の大きい107タンパクを選択した．そこからさらに多型が大きく，大きな脱落と挿入がある遺伝子を除外し，菌種識別に有用な12個の完全長のHKPを連結しC12HKPとして解析した．C12HKPは16S rRNA遺伝子との相関は0.66で，比較に使用した50個のribosomal protein（C50RP）とは0.94と高い相関があった．C12HKPの解析菌種間での多型の大きさは22.50%，C50RPでは9.08%，16S rRNA遺伝子では4.01％であり，C12HKPが最も大きな多型を示した．このことからC12HKPは類縁菌種の識別と同定に最も有用性が高いことが証明された．
