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定温定圧レプリカ置換法の開発と高圧下でのシニョリンの特異な振る舞い
2019 年 21 巻 2 号 p. 144-150
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2019 年 21 巻 2 号 p. 144-150
レプリカ置換法はレプリカ交換法を発展させた効率的なサンプリング手法である. レプリカ置換法は元々カノニカルアンサンブルにおいて開発されてきた. 本稿では, 定温定圧アンサンブルに拡張したレプリカ置換法を紹介し, 温度と圧力の2 次元空間に対してパラメータ置換を実行するためのアルゴリズムを述べる. さらに, 本手法をシニョリンに適用した例も紹介する. 一般的にタンパク質の2 次構造は圧力が加わることで壊れてしまうが, 高圧環境下で安定化するβヘアピン構造があることを定温定圧レプリカ置換シミュレーションから発見した. さらに, その分子論的機構を明らかにした.
