ヒトの腸管には数百種類，100兆個以上の腸内細菌が生息し，多彩な代謝機能による宿主へのエネルギー源供給，腸管上皮細胞や免疫細胞の分化や成熟化，腸内環境の恒常性維持，病原菌に対する感染防御などに関与している．腸内細菌叢は健康と疾患に深く関与し，炎症性腸疾患（inflammatory bowel disease：IBD）や過敏性腸症候群（irritable bowel syndrome：IBS），大腸癌などの腸疾患のみならず，生活習慣病，自己免疫性疾患，自閉症など腸管以外の疾患との関連性も指摘され，大きな注目を集めている．
