慢性骨髄増殖性疾患（MPD）では，慢性骨髄性白血病（CML）が主な同種造血幹細胞移植の適応疾患であり，移植によって慢性期で60∼80%，進行病期においても10∼40%の根治が期待できる．しかし，イマチニブが導入され，その安全性と移植に匹敵する有効性が明らかになり，その適応は急性期あるいは移行期，およびイマチニブ耐性の慢性期に限られるようになった．CML以外には骨髄線維症，特発性好酸球増加症，急性骨髄性白血病へ移行したMPDに対しても移植が施行されているが，その治療戦略上への位置づけは明らかではない．
