SEMを使用した微小生物の形態観察は，試料作製に使用する化学薬品によって微細構造が変形し，しばしば識別を困難にする。水凍結乾燥法は化学薬品を使用しないSEM試料作製が可能な唯一の方法である。藍藻類にこの方法を使用して，あらかじめグルタールアルデヒド固定を行った場合と固定しない場合の結果を比較した。また，割断した試料の内部構造を観察した。その結果，多くの種において化学固定を行わなくても表面形状及び内部構造がよく保存されることが確認され，Oscillatoria属のチラコイドやMicrocystis属のガス胞などの細胞内部構造が従来法よりも短時間で観察することができた。Microcystis aeruginosaやMicrocystis viridisにおいては，粘質鞘が隔壁で区分けされ，その中に1～2個の細胞を含んだ構造が観察された。水凍結乾燥法の試料作製時間は約1時間である。この方法は微細構造の保存性において優れているのみでなく，従来法と比較して簡単で安全に試料作製が可能な方法である。
