タンパク質構造情報に着目したO-型糖鎖修飾部位の予測器の構築

能野 育恵; 坂本 浩隆; 入谷 豪; 榊原 一紀; 西川 郁子; 伊藤 將弘

doi:10.11509/sci.SCI07.0.317.0

第51回システム制御情報学会研究発表講演会

セッションID: 5F4-3

DOI https://doi.org/10.11509/sci.SCI07.0.317.0

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主催: システム制御情報学会

タンパク質構造情報に着目したO-型糖鎖修飾部位の予測器の構築

*能野育恵, 坂本浩隆, 入谷豪, 榊原一紀, 西川郁子, 伊藤將弘

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キーワード: O-型糖鎖修飾, 予測, 蛋白質構造データバンク, タンパク質構造, 階層型ニューラルネットワーク, サポートベクターマシン, ユニプロット, αヘリックス, βシート

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抄録

O-型糖鎖修飾では，その修飾機構は未だ解明されておらず，規則性の発見や予測法の開発が待たれている．著者らは，現在までにUniProtから入手したアミノ酸残基配列を使用し，Matthews相関係数で0.5程度の性能評価値を示す階層型NNやSVMを用いた予測器を構築している．一方，タンパク質は本来立体構造をとり，修飾にはαヘリックス，βシートなどの構造上の特徴が関係する可能性がある．本研究では，PDBなどから入手した構造情報を付加し，タンパク質構造を考慮した予測器を構築する．

責任著者(Corresponding author)

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