SVMを用いたO-型糖鎖修飾部位の予測に対するアクセシビリティの有効性の検討

坂本 浩隆; 能野 育恵; 榊原 一紀; 入谷 豪; 伊藤 將弘; 西川 郁子

doi:10.11509/sci.SCI07.0.318.0

第51回システム制御情報学会研究発表講演会

セッションID: 5F4-4

DOI https://doi.org/10.11509/sci.SCI07.0.318.0

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主催: システム制御情報学会

SVMを用いたO-型糖鎖修飾部位の予測に対するアクセシビリティの有効性の検討

*坂本浩隆, 能野育恵, 榊原一紀, 入谷豪, 伊藤將弘, 西川郁子

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キーワード: サポートベクターマシン, 階層型ニューラルネットワーク, 予測, O-型糖鎖修飾, タンパク質, アクセシビリティ, ユニプロット, プロテインデータバンク, ディエスエスピー

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抄録

哺乳類タンパク質のO-型糖鎖修飾において，現在コンセンサス列は知られていない．我々は一次構造であるアミノ酸残基配列の情報をUniProtより取得し，階層型ニューラルネットワークとSVMを用いて修飾部位を予測する研究でMatthews相関係数約0.5の予測性能を得た．本研究では，対象残基のタンパク質表面への露出度合に着目し，タンパク質立体構造情報をPDBより得て露出度合を表す各残基のアクセシビリティを DSSPによって計算し，その情報の修飾部位予測に対する有効性の検証を行う．

責任著者(Corresponding author)

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