研究解説
GPUによるタンパク質高精度静電ポテンシャル計算の高速化
2009 年 61 巻 2 号 p. 103-110
詳細
2009 年 61 巻 2 号 p. 103-110
タンパク質の構造や機能を解析する上で, 長距離で働く静電相互作用は極めて重要な力の一つである．近年, タンパク質の全電子波動関数が計算できるようになり, これから正確な静電ポテンシャルを見積もることができるようになった．しかし, そのポスト処理コストは非常に高価であり, 計算は長時間を要する．本研究では, 新たにGPUによる処理プログラムを開発し, 量子化学計算に基づく静電ポテンシャル計算を大幅に高速化することに成功した．51残基のインスリンの場合, CPUによる計算では16時間かかったが, GPU (Tesla C870)では12分で完了した．計算時間が79倍短縮されたことになる．これはGPUのピーク性能の63%に相当する．
