腸管腔からのシグナルが腸管壁を介して中枢に伝達された時，その経路のいずれかの異常によって消化管不快症状を形成する．一方，中枢における変調は視床下部―下垂体―副腎軸および自律神経系を介して腸管機能の変調を誘発する．この双方向の制御機序のいずれかの変調が消化器症状を形成する．近年の研究では，消化管内腔の腸内細菌叢の異常による上皮微細炎症が，炎症性サイトカイン，消化管ホルモン，神経伝達物質を介して中枢での消化器症状発現に関わる．心理社会ストレス，生育期の問題は，末梢に対する変調と症状知覚とに影響を与える．このような関係性は，脳－腸－腸管微生物軸として，消化器症状解明の手がかりとなっている．
