上部消化管の色素内視鏡において頻繁に用いられるのはインジゴカルミンとルゴールである．インジゴカルミンは胃や十二指腸のような円柱上皮に覆われている消化管で用いられ，細胞表面や細胞内物質と化学反応を起こさず，粘膜の凹凸が強調されることにより微細な変化を認識しやすくする，いわゆるコントラスト法である．そのため粘膜表面の粘液をしっかり落として，丁寧に撒布することが肝要である．ルゴールはヨウ素（ヨード），グリセリンなどを含んだ液体で，ヨウ素と正常食道扁平上皮に含まれるグリコーゲン顆粒によりヨウ素―でんぷん反応が起こり褐色を呈するが，食道癌はグリコーゲン顆粒を持たないため発色せず，その差異により食道癌を認識しやすくする染色法である．まだら食道症例においては撒布後数分ぐらいで癌部は桃色を呈する，いわゆるpink color signが癌と非癌の鑑別に有用である．
