多くの甲状腺分化癌の予後は良好とされるが，少数の症例は再発・転移をきたし，さらに放射性ヨウ素治療，分子標的薬にも耐性となり，治療に難渋するものがある。本稿では分子生物学的予後因子として，遺伝子変異，とくに腫瘍の発症・進展に重要とされるドライバー変異について解説する。乳頭癌において，欧米を中心としてBRAF変異が癌の悪性度・予後と関連するという多くの報告があるが，我が国ではこれは否定的である。なぜこのような違いがあるのかについては良く分かっていない。濾胞癌では，RAS変異が悪性度・予後と相関するという報告がある。年齢と非常に強い相関があり，主に高齢者にみられるTERTプロモーター変異は，乳頭癌，濾胞癌，いずれも悪性度・予後と強い相関を示し，現時点で最も強力で有用な分子マーカーである。
