16S rRNAおよびsecA1遺伝子解析でGordonia sputiと同定した1例

抄録

今回，我々は2歳10ヶ月女児の血液培養から小型のグラム陽性桿菌を認め，発育が遅く表面がラフなコロニー形態などから放線菌を疑って16S rRNA遺伝子のBLAST解析を実施した。その結果，分離菌はG. sputiと99.8%の塩基一致率であったが，G. jacobaea，G. aichiensis，G. otitidisとも99.4%から99.7%以上の高い塩基一致率を示し，菌種同定には至らなかった。そこで，secA1遺伝子用PCRプライマーを新たにデザインしてBLAST解析を実施したところ，G. sputiとの塩基一致率が100%を示したのに対し，G. jacobaeaが98.8%，G. aichiensisは93.3%，G. otitidisが92.3%と差を認めたことより分離菌をG. sputiと同定した。Gordoniaは稀な菌である上，同定キットを用いても誤同定されるため，一般的な検査室では同定が難しい。そして，Gordoniaが遺伝子解析から新しく分類された性格上，菌種同定には遺伝子解析が有効である。その中で，全長が500 bp以下の解析し易いsecA1遺伝子は，G. sputiの菌種同定に有用なツールであった。