近年，分子標的薬の開発が急速に進み，特に原発性肺癌においてはコンパニオン診断として保険収載が多くの分子標的薬で行われている。近畿大学では2017年6月に肺癌に特化したコンパニオン検査を行うゲノムセンターを近畿大学医学部内に設置し，PD-L1（22C3），ALK（IHC），ALK（FISH），EGFR検査の受注を開始した。ゲノムセンターは2年の稼働期間に517件の検体を受け付け，検査を行った。充分量の悪性腫瘍が検出され，検査が実施できた割合は365件/517件（70.6%）であった。検査種ごとの検査数はEGFR検査が81件（稼働期間7カ月），PD-L1（22C3）は350件（稼働期間2年），ALK（IHC）は278件，ALK（FISH）は237件であった。病理部にてホルマリン固定検体を受け付けてから，検査結果を臨床に返却した日数の平均は11.8日（土日祝日を含む）であった。EGFR検査に限っては7.73日（土日祝日を含む）であった。外注検査と比較して十分に短いturnaround timeが得られた。今回，病院内で次世代シーケンサーを用いた遺伝子検査を行う新部署を新設したため，ゲノムセンターは2年間の上記検査の受注業務を終了した。自施設での検査を導入する際に起こり得る問題を提示しながら，これらの取り組みによりわかった自施設で検査を行うメリット，デメリットを報告する。
