次世代シーケンサを用いた全ゲノム解析とハプロタイプネットワーク解析からみるSARS-CoV-2感染伝播経路の解析

抄録

目的：SARS-CoV-2は高い感染力を持つため病院内でのクラスター感染が問題となる。しかしながら，病院内への感染伝播経路に関する次世代シーケンサ（以下，NGS）を用いた研究は少ない。本研究では，院内クラスターを引き起こしたウイルスの感染経路解析を行うため，NGSによる全ゲノム解析を実施した。方法：久留米大学病院にてSARS-CoV-2 PCR陽性となった，院内クラスター感染検体（クラスター群）12検体と，その他の市中感染検体（市中群）37検体を対象として，NGSによる全ゲノム解析を実施した。得られたゲノム配列データより，ハプロタイプネットワーク解析を行い，クラスター群と市中群の感染経路解析を行った。また，GISAIDで東京・大阪のゲノムデータを取得し，都市間の感染経路解析も行った。成績：Pango系統分類では，クラスター群は12検体全てがBA.2.24であったが，市中群では複数の系統のオミクロン株が混在していた。ハプロタイプネットワーク解析では，院内感染は単一侵入経路からの感染拡大が推測された。また，クラスター群と市中群は，大阪に比べ，東京との関連性が強い傾向があり，およそ2～3週間で東京から伝播したことが示唆された。結論：NGSによる全ゲノム解析およびハプロタイプネットワーク解析は，ウイルスの感染経路の解析が可能であり，今後の感染制御に有用な情報を提供できると考えられる。