ヒトの腸内細菌叢は，出生後から乳幼児期にかけてダイナミックに変化し，3歳までに安定するといわれている．乳幼児期に形成される腸内細菌叢は，アレルギー疾患も含めてヒトの健康・疾病に大きくかかわっており，その乱れ（dysbiosis）は短期的のみならず，長期的な影響を健康状態に及ぼす可能性がある．小児の代表的なアレルギー疾患である，アトピー性皮膚炎，喘息，食物アレルギーで発症前からのdysbiosisが報告されているが，特定の菌属の関与は明らかではない．腸内細菌の代謝物のなかで酪酸のアレルギー疾患の寛解における関与を示す研究はいくつかあるが，発症における短鎖脂肪酸の関与についてはまだ不明な点が多い．腸内細菌叢の形成・発達には，出産様式，抗生物質の使用の有無，乳児期の栄養法などが大きく影響する．プロバイオティクスなどによるアレルギー疾患の予防では，出産後の介入は効果はなく，妊娠中からの介入の有効性が報告されている．特に食品・栄養素が腸内細菌叢に与える作用についての解析が今後望まれる．
