総説
どのデータベースを使うか～データベース検索と配列解析・誤解と難題～
2016 年 1 巻 2 号 p. 63-80
詳細
2016 年 1 巻 2 号 p. 63-80
質量分析法によるプロテオミクス解析では，他のオミックス科学と同様，データのコンピュータ解析の過程が必須である．しかしゲノム科学やトランスクリプトーム解析に比べれば，質量分析法やプロテオミクスのためのバイオインフォマティクス，或いは解析手法・ソフトウェアは未だ発展途上であり，未解決の問題が多数残されている．更に，この状況に起因する多くの誤解や，特に実験系の研究者には扱いにくい技術的な問題も生じている．本稿ではこれらの問題を踏まえて，タンパク質の同定過程，特にデータベース検索法とそれに関連する基本的な事項について，プロテオミクス初心者を念頭に解説する．具体的には，de novoシークエンシング法とデータベース検索法の対比，PTM探知のための手法が検索結果に及ぼす影響，生命科学データベースの概観とデータベース解析への応用上での要注意点などについて述べる．
