海底ゴミは，海域環境を破壊し，漁網の破損や魚体を損傷するとともに，海底ゴミの回収は漁労時間を増加させるなどの問題がある。
瀬戸内海では，多くの漁業者による海底ゴミの回収を，海の日などに漁協の海底清掃として行っている。まだ少ないものの，岡山県の日生町漁協などでは，小型機船底曳網漁業の操業時に，漁業者が海底ゴミの回収を日常的に行っている。近年では，岡山県では沿岸の全市に海底ゴミ回収のゴミステーションが設置されており，尾道市でも市の委託により小型機船底曳網漁業者による海底ゴミの回収が開始された。
漁業者が回収した海底ゴミは，陸上から流入したポリ袋などの石油化学製品や空き缶などが多く，漁業関係の海底ゴミは非常に少ないだけに，漁業の産業廃棄物としてではなく一般廃棄物とすることや，行政によるゴミ処理施設への搬入などが重要である。海底ゴミは潮流などにより移動するだけに，沿岸市町村だけでなく，府県や国も含めた海底ゴミの回収・処理体制が必要である。
