非モデル真核生物 de novo ドラフトゲノム構築における代表的手法

抄録

非モデル生物研究は、多様な生命現象を一般化して理解することや、種や系統特異的な現象を分子レベルで説明する観点で重要だが、その前提として参照ゲノムの整備が欠かせない。ロングリード技術の普及やアセンブラの発展により、反復配列や高ヘテロ接合を含む非モデル真核生物でも研究室単位でde novoゲノムアセンブリが現実的となった。本総説は、ロングリードおよびショートリードからドラフトゲノムを構築する実務手順と代表的ツールを整理する。さらにクモ類ゲノムを用いたアセンブリ実例を示し、ゲノム特性と計算資源に基づく設計指針を議論する。