次世代シーケンサーデータの解析手法 第 6 回 ゲノムアセンブリ

抄録

ゲノムの de novo アセンブリ結果に影響を及ぼす主要なパラメータは、k-mer（任意の長さ k の連続塩基）の k 値である。第 6 回は、Bio-Linux にプレインストールされているゲノムアセンブリ用プログラム Velvet の基本的な利用法、make コマンドを用いたプログラムのインストール法、およびウェブツール DDBJ pipeline の利用法について述べる。複数の異なる k-mer で実行した乳酸菌ゲノム de novo アセンブリ結果の違い、用いたプログラム間の違い（Velvet vs. Platanus）などを述べる。また、ウェブサイト（R で）塩基配列解析（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどのリンク先を効率的に活用してほしい。