産業技術総合研究所 機能材料コンピュテーショナルデザイン研究センター
2020 年 22 巻 3 号 p. 269-280
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概要 通常のMD シミュレーションでは観測されない“レア・イベント”の効率的なサンプリングと，関連する自由エネルギープロファイルの構築は，分子シミュレーションにおいて長年に亘る問題となっています．本稿では，この問題の解決手法である“平均力ダイナミクス”の一種であるLogMFD 法を，オープンソースパッケージのPLUMED により実行する手順を解説します．理論から実際の計算手順まで網羅します．
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